사토시와 그의 친구들은 라루스로 여행을 가서 4년 전에 일어난 사건 때문에 포켓몬을 무서워하는 Tooi라는 소년을 만난다. 한편 우주에서 온 포켓몬인 덕시스가 다시 나타나 도시 주변에 장벽을 두르고 사람들을 납치하고 있다. 대기권에 사는 포켓몬 레이콰자가 싸우러 온다.
